Package medite :: Package MediteAppli :: Module suffix_tree :: Class GeneralisedSuffixTree

Class GeneralisedSuffixTree

object --+
         |
        GeneralisedSuffixTree

Classe proxy qui construit un GeneralisedSuffixTree Celui-ci est construit et on extrait les infos nécessaires pour trouver les MEM Ensuite on supprime l'objet GeneralisedSuffixTree, ce qui permet d'économiser beaucoup de mémoire

Instance Methods

[hide private]

__init__(self, sequences)
x.__init__(...) initializes x; see x.__class__.__doc__ for signature

source code

get_MEM_(self, min_size=1)
Renvoie un dico de tous les Maximal Exact Matches de taille min min_size

source code

get_MEM_list(self, min_size=1, sr=1)
Renvoie un dico de tous les Maximal Exact Matches de taille min min_size

source code

get_MEM(self, min_size=1, sr=1)
Renvoie un dico de tous les Maximal Exact Matches de taille min min_size

source code

get_MEM_index_chaine2(self, min_size=1, sr=1)
Modifie les coordonnées de la 2e chaine en retirant 1 à cause du séparateur pour le suffix tree

source code

get_MEM_index_chaine3(self, min_size=1, just_keep_words=True, sr=4, eliminRecouv=True)
just_keep_words: si Vrai, on rogne les homologies de façon à n'avoir que des mots (ou suites de mots) entiers renvoie un dico indexé par (cle,longueur) ou cle représente hash(chaine) la chaine dont on fait référence et la longueur de la chaine, la valeur et la liste d'occurences de la chaine

source code

get_MEM_index_chaine(self, min_size=1)
Converti le dic de sortie pour le module MediteAppli

source code

Inherited from object: __delattr__, __getattribute__, __hash__, __new__, __reduce__, __reduce_ex__, __repr__, __setattr__, __str__

Properties

[hide private]

Inherited from object: __class__

Method Details

[hide private]

init(self, sequences)
(Constructor)

source code

x.__init__(...) initializes x; see x.__class__.__doc__ for signature

Overrides: object.__init__: (inherited documentation)

get_MEM_(self, min_size=1)

source code

Renvoie un dico de tous les Maximal Exact Matches de taille min min_size

Le dico est indexé par la taille de MEM qui renvoie une liste de toutes les positions de cette taille. Linéaire(nb de MEM) < linéaire(taille de la séquence)

get_MEM_list(self, min_size=1, sr=1)

source code

Renvoie un dico de tous les Maximal Exact Matches de taille min min_size

Le dico est indexé par la taille de MEM qui renvoie une liste de toutes les positions de cette taille. Linéaire(nb de MEM) < linéaire(taille de la séquence)

get_MEM(self, min_size=1, sr=1)

source code

Renvoie un dico de tous les Maximal Exact Matches de taille min min_size

Le dico est indexé par la taille de MEM qui renvoie une liste de toutes les positions de cette taille. Linéaire(nb de MEM) < linéaire(taille de la séquence)

get_MEM_index_chaine(self, min_size=1)

source code

Converti le dic de sortie pour le module MediteAppli

index par la chaine directement qui donne les positions de cette chaine

Class GeneralisedSuffixTree

__init__(self, sequences) (Constructor)

get_MEM_(self, min_size=1)

get_MEM_list(self, min_size=1, sr=1)

get_MEM(self, min_size=1, sr=1)

get_MEM_index_chaine(self, min_size=1)

init(self, sequences)
(Constructor)